Egyetemünk fejlődése az évezred első éveiben is folytatódott és tart a mai napig. Ahogy nőtt a hallgatói létszám, kevésnek bizonyult az előadók száma, több és jobb kollégiumi férő­helyre volt szükség, s az addigi épületek is megértek első felújításukra.

Ezek sokszor inkább átalakítások voltak, hiszen az igények az eltelt időben változtak. Ennek köszönhetően épült meg több nagy előadó, és újult meg az elmúlt években szinte az összes többi, valamint az A/1-es épület tantermei. 2002-ben átadták az új főbejáratot, az impozáns üveg­aulát, de megújult a C/2 öt hajója, azaz a Műhelycsarnok is. A kor követelményeinek megfelelően átalakították a Bolyai kollégiumokat, megépült az Uni-Hotel, és új funkciót kapott a visszabontott és megújult E/7-es épület; irodaház lett.

Az utóbbi években új külsőt és új liftet kapott a bölcsészek "otthona", részben megújultak a sárospataki épületek, megszépült a miskolci campus parkja, csaknem mindenütt akadálymentes lett egyetemünk és a közvetlen környezet is átépült részben.
Az oktatás is megújult, a Miskolci Egyetemen is bevezették a bolognai képzést. Az utóbbi hetekben pedig megkezdődött egyetemünk történetének legnagyobb fejlesztése, mintegy 6,5 milliárdból újulnak meg miskolci és sárospataki épületek, és az oktatási infrastruktúra is.